Afghan Premier League được thành lập vào năm 2012 với mùa giải đầu tiên diễn ra từ tháng 9 đến tháng 10 năm đó. 8 đội được thành lập đồng thời trong năm 2012 để tham dự giải. Tháng 10 năm 2012, liên đoàn bóng đá Afghanistan khẳng định mùa giải thứ hai của giải đấu sẽ được tổ chức vào năm 2013.[5]

Các cầu thủ thi đấu tại Afghan Premier League được phát hiên thông qua một chương trình Truyền hình thực tế mang tên gọi Maidan e sabz ("sân bóng xanh").[6] do liên đoàn bóng đá Afghanistan và Tập đoàn MOBY, đơn vị sở hữu một số kênh truyền hình, đài phát thanh và là tập đoàn truyền thông lớn nhất nước này, đề xuất. Các kênh truyền hình của MOBY sẽ phát sóng các trận đấu. Các cầu thủ sẽ được lựa chọn vào các đội bởi một ban giám khảo và khán giả truyền hình. 8 đội với 18 cầu thủ, mỗi đội đại diện từng vùng, được thành lập.[7]

Hội đồng hòa bình tối cao Afghanistan đã ca ngợi việc thành lập và phát triển giải đấu là "cơ hội để mang đến hòa bình và ổn định" cho Afghanistan.[5]

Toofaan Harirod F.C. là đội giành chức vô địch đầu tiên và nhận giải thưởng 15.000 USD sau khi đánh bại Simorgh Alborz F.C. 2-1 trong trận chung kết tại Kabul. Một lượng lớn cổ động viên và quan chức chính phủ đã đến sân để theo dõi trận đấu.[8]

Ở mùa giải thứ hai của Afghan Premier League, Shaheen Aasmayee F.C. và Simorgh Alborz F.C. đã vào đến trận chung kết 2013. Trận chung kết thứ hai của clb Simorgh Alborz trong 2 năm tham dự giải nhưng Shaheen Asmayee mới là đội giành chiến thắng 3-1 sau hiệp phụ.[9]